Precisamente, las familias que habían solicitado la exhumación de restos estuvieron presentes en la basílica mientras se abrió la cripta, aunque Vicepresidencia del Gobierno les comunicó que no podían hacer pública su visita ni hablar con la prensa  

  Ni siquiera los monjes benedictinos que residen en el monumento fueron informados de que se iba a abrir el osario, en el que se encuentran restos de 40.000 personas. Sólo nueve familias habían reclamado los cuerpos de sus seres queridos, nueve republicanos ajusticiados durante la Guerra Civil y trasladados al mausoleo sin el conocimiento de sus familiares.   

Una vez que la vía judicial se estancó, estas familias acudieron al Ministerio de la Presidencia, donde presentaron un proyecto para recuperar los cuerpos. Pero su petición fue denegada y el Gobierno comunicó públicamente el 16 de septiembre que no se procedería a la exhumación de restos del Valle de los Caídos. En esa fecha los forenses llevaban ya más de una semana buscando en los osarios.

   Los expertos accedieron a los seis osarios de las capillas laterales del templo y a los dos más grandes de tres plantas cada uno y perpendiculares al altar central. Los cuerpos se encuentran apilados en cajas de madera con un número de registro; miles de ellos están en cajas comunes con restos de seis o siete personas identificados por su lugar de procedencia.

Los forenses comprobaron que los cofres se han podrido por la humedad y que es prácticamente imposible retirar un cuerpo determinado, o una caja independiente de otra. Según la revista, los restos están mezclados y no es posible distinguir unos de otros.  

  El problema reside en que la Ley de Memoria Histórica cuenta con un presupuesto de 60.000 euros, el precio de un análisis de ADN con garantías judiciales es de 400 euros y los enterrados en el Valle de los Caídos son miles.   

El mismo semanario informa de que la bandera de España que se encuentra dibujada en los frescos de la cúpula de la basílica sobre piedra troquelada está tapada con una gran tabla de madera, dado que no fue posible borrarla con ningún tipo de disolvente, según se puede comprobar en una fotografía que publica la revista. La Ley de Memoria Histórica prohíbe la exhibición de símbolos predemocráticos en cualquier espacio público. Una norma que afecta al Valle de los Caídos, donde no se puede entrar con la bandera española ni siquiera con el emblema constitucional.