Este santo ha sido llamado: "El segundo evangelizador de Alemania" (después de San Bonifacio). Se le venera como uno de los creadores de la prensa católica y fue el primero del numeroso ejército de escritores jesuitas.

Nació en Holanda (en Nimega) en 1521. Su padre fue por nueve veces alcalde de su ciudad. Quedó huérfano de madre siendo él aún muy pequeño, pero su madrastra fue para él una segunda madre y fue educado en un gran temor de ofender a Dios. Él se quejaba de que en sus primeros años había perdido mucho tiempo dedicándose más a los juegos que a los estudios, pero luego se consagró de tal manera a estudiar que a los 19 años ya consiguió la licenciatura en teología.

Para complacer a su padre se dedicó a especializarse en abogacía, pero luego de hacer unos Ejercicios Espirituales con el Padre Fabro (que era compañero de San Ignacio) se entusiasmó por la vida religiosa, hizo votos o juramento de permanecer siempre casto, y prometió a Dios hacerse jesuita.

Fue admitido en la comunidad y los primeros años de religioso los pasó en Colonia (Alemania) dedicado a la oración, el estudio, la meditación y la ayuda a los pobres. La cuantiosa herencia que recibió de sus padres la repartió la mitad entre los pobres y la otra mitad para ayudar a obras sociales de su comunidad.

Desde sus primeros años de su sacerdocio empezó a brillar como un gran predicador. Cuando joven era impresionante su carácter batallador y amigo de las polémicas y discusiones, y estas aptitudes le van a ser muy útiles, porque durante toda su vida tendrá que batallar muy fuertemente en todas partes contra los protestantes. Siempre fue muy caritativo y amable con las personas que le discutían, pero tremendo e incisivo contra los errores de los protestantes (Tanto que estos haciendo alusión a su apellido lo llamaban el can que defiende a los católicos). Decía a sus sacerdotes: "no hieran, no humillen, pero defiendan la religión con toda su alma".

San Pedro Canisio tenía una especial cualidad para resumir las enseñanzas de todos los grandes teólogos y presentarlas de manera sencilla para que las entendiera el pueblo. Y así logró redactar dos catecismos, uno resumido y otro explicado. Estos dos libros fueron traducidos a 24 idiomas en la vida del autor, y en Alemania se propagaron por centenares de miles (junto con los de otros dos jesuitas, el Padre Astete y San Roberto Belarmino, San Pedro Canisio es de los que más éxitos logró obtener con su Catecismo).

San Ignacio y el Sumo Pontífice, aprovechando sus enormes cualidades como predicador y defensor de la Iglesia contra los protestantes, le encargaron muchísimas labores de apostolado. Como superior provincial de los jesuitas en Alemania recorrió a pie y a caballo diez mil kilómetros predicando, enseñando catecismo, propagando buenos libros y defendiendo la religión. En los treinta años de su incansable labor de misionero recorrió treinta mil kilómetros por Alemania, Austria, Holanda e Italia. Parecía incansable. A quien le recomendaba descansar un poco le respondía: "Descansaremos en el cielo".

Por muchas ciudades de Alemania fue fundando colegios católicos para formar religiosamente a los alumnos. A la universidad Católica la transformó y le dio una gran celebridad. Y ayudó a fundar numerosos seminarios para la formación de los futuros sacerdotes. Alemania, después de San Pedro Canisio, era ya otro país distinto y mucho más católico que cuando él empezó a trabajar allí.

San Pedro Canisio se dio cuenta del inmenso bien que hacen las buenas lecturas. Por eso recorría el país propagando los buenos libros y se propuso formar una asociación de escritores católicos. Él sabía muy bien que un buen libro puede hacer mayor bien que un sermón y que las buenas lecturas logran llegar a donde ni sacerdotes ni religiosos logran ir a llevar mensajes religiosos. Aún ya anciano y muy débil y casi paralizado, seguía escribiendo con la ayuda de un secretario, libros religiosos para el pueblo. Al morir tenía la satisfacción de haber ayudado a formar varias editoriales católicas muy bien organizadas.

Estando en Friburgo el 21 de diciembre de 1597, junto con varios padres jesuitas, después de haber rezado con ellos el santo rosario, su devoción favorita, de pronto exclamó lleno de alegría y emoción: "Mírenla, ahí esta. Ahí está". Y murió. Era la Virgen Santísima que había llegado a llevárselo para el cielo.

El Sumo Pontífice Pío XI, después de canonizarlo, lo declaró Doctor de la Iglesia, en 1925.