. Al llegar a Lima Santo Toribio tenía 42 años y se dedicó con todas sus energías a lograr el progreso espiritual de sus súbditos. La ciudad estaba en una grave situación de decadencia espiritual. Los conquistadores cometían muchos abusos y los sacerdotes no se atrevían a corregirlos. Muchos para excusarse del mal que estaban haciendo, decían que esa era la costumbre. El arzobispo les respondió que Cristo es verdad y no costumbre. Y empezó a atacar fuertemente todos los vicios y escándalos. A los pecadores públicos los reprendía fuertemente, aunque estuvieran en altísimos puestos.

Las medidas enérgica que tomó contra los abusos que se cometían, le atrajeron muchos persecuciones y atroces calumnias. El callaba y ofrecía todo por amor a Dios, exclamando, "Al único que es necesario siempre tener contento es a Nuestro Señor".

Tres veces visitó completamente su inmensa archidiócesis de Lima. Logró la conversión de un enorme número de indios. Cuando iba de visita pastoral viajaba siempre rezando. Al llegar a cualquier sitio su primera visita era al templo. Reunía a los indios y les hablaba por horas y horas en el idioma de ellos que se había preocupado por aprender muy bien. Aunque en la mayor parte de los sitios que visitaba no había ni siquiera las más elementales comodidades, en cada pueblo se quedaba varios días instruyendo a los nativos, bautizando y confirmando.

Santo Toribio se propuso reunir a los sacerdotes y obispos de América en Sínodos o reuniones generales para dar leyes acerca del comportamiento que deben tener los católicos. Cada dos años reunía a todo el clero de la diócesis para un Sínodo y cada siete años a los de las diócesis vecinas. Y en estas reuniones se daban leyes severas y a diferencia de otras veces en que se hacían leyes pero no se cumplían, en los Sínodos dirigidos por Santo Toribio, las leyes se hacían y se cumplían, porque él estaba siempre vigilante para hacerlas cumplir.

Nuestro santo era un gran trabajador. Desde muy de madrugada ya estaba levantado y repetía frecuentemente: "Nuestro gran tesoro es el momento presente. Tenemos que aprovecharlo para ganarnos con él la vida eterna. El Señor Dios nos tomará estricta cuenta del modo como hemos empleado nuestro tiempo".

Fundó el primer seminario de América. Insistió y obtuvo que los religiosos aceptaran parroquias en sitios supremamente pobres. Casi duplicó el número de parroquias o centros de evangelización en su archidiócesis. Cuando él llegó había 150 y cuando murió ya existían 250 parroquias en su territorio.

Cuando llegó una terrible epidemia gastó sus bienes en socorrer a los enfermos, y él mismo recorrió las calles acompañado de una gran multitud llevando en sus manos un gran crucifijo y rezándole con los ojos fijos en la cruz, pidiendo a Dios misericordia y salud para todos.

El 23 de marzo de 1606, un Jueves Santo, murió en una capillita de los indios, en una lejana región, donde estaba predicando y confirmando a los indígenas. Su cuerpo, cuando fue llevado a Lima, un año después de su muerte, todavía se hallaba incorrupto, como si estuviera recién muerto.

Después de su muerte se consiguieron muchos milagros por su intercesión. Santo Toribio tuvo el gusto de administrarle el sacramento de la confirmación a tres santos: Santa Rosa de Lima, San Francisco Solano y San Martín de Porres.