Además de la labor experimental, el otro punto importante en el método científico es la elaboración de una hipótesis para explicar una ley observada.

Este es un proceso bastante misterioso que no se entiende muy bien. Ni siquiera los científicos que han generado las hipótesis más espectaculares aportan luz sobre el camino que han seguido para llegar a ellas. Lo que está fuera de duda es que es preciso conocer bastante bien el tema tratado y haber meditado largamente sobre él. En ocasiones, varios autores han hecho propuestas semejantes para explicar los datos experimentales que preocupaban en aquel momento a la comunidad científica en un corto periodo de tiempo. Esto pudiera indicar que más pronto o más tarde siempre surge alguien capaz de encontrar la teoría apropiada para dar cuenta de un problema determinado. Más interés puede tener el hecho de que algunos investigadores proponen sus hipótesis al encontrar analogías entre el problema estudiado y otras ramas de la ciencia o del pensamiento.  

Si el experimento propuesto para corroborar una hipótesis se ajusta a lo que predice la hipótesis, esta pasa a considerarse teoría. Sin embargo, no hay manera de estar seguro de que la teoría es correcta, pues muy bien pudieran aparecer nuevos hechos que no se ajusten a las predicciones de dicha teoría.

Dado que la ciencia ya lleva funcionando desde finales del XVII, se está en condiciones de saber cómo alguna de las teorías mas conocidas han soportado el paso del tiempo. La primera teoría física realmente importante es la ley de la gravitación de Newton. Pues bien, se ha comprobado que dicha teoría no es capaz de explicar el movimiento de Mercurio. (En un momento dado se llegó incluso a proponer la existencia de un nuevo planeta que lamentablemente no existe - de modo análogo a cómo se propuso la existencia de Neptuno por las anomalías detectadas en la órbita de Urano). Hubo que esperar a la teoría de la relatividad de Einstein para explicar la orbita de Mercurio.

De otro lado, las ecuaciones que resultan de la citada ley de Newton para explicar el movimiento conjunto de tres cuerpos celestes, por ejemplo el Sol, la Luna y la Tierra, no tienen solución matemática exacta. A finales del XIX Poincaré desveló que el sistema solar era inestable al estudiar una posible solución al problema de los tres cuerpos basado en el método de perturbaciones. Lo más curioso es que tal descubrimiento pasó desapercibido por el “ruido” generado por la Mecánica Cuántica y la Teoría de la Relatividad. Hubo que esperar hasta los años 50 del siglo XX para que tres científicos rusos dieran con una teoría más adecuada que la original de Newton.  Para simplificar, se puede decir que dieron con las condiciones para que el Sistema Solar permanezca estable y de paso explicaron porque los anillos de Saturno presentan lagunas donde no hay materia alguna (en esas posiciones estarían en una situación inestable). El Sistema Solar, lejos ser un sencillo reloj mecánico ha resultado ser, en realidad, uno de esos sistemas complejos que estudian las Teorías del Caos.            

 A pesar de los fallos expuestos, la Teoría de Newton no se ha desechado sino que sigue siendo explicada en el Bachillerato y en la Universidad debido a que es muy sencilla y a que todavía sirve para muchas cosas (por ejemplo, para poner en órbita un satélite de comunicaciones). Las alternativas, que son más precisas, tienen un aparato matemático más complicado y una visualización más difícil.            

Cuanto se ha comentado sobre la Ley de la Gravitación Universal ejemplifica la potencia de la ciencia y sus propias limitaciones. Además explica como el hombre avanza científicamente en el conocimiento del proceloso mundo que le rodea. Muy probablemente si el científico supiera desde el principio el reto a que se enfrenta no hubiera podido avanzar gran cosa, pero al simplificar audaz- o ignorantemente los problemas ha sido capaz de avanzar en la dirección adecuada.  

Con todo, a veces, las hipótesis y teorías no se abandonan por más que no se encuentren datos que las avalen o se encuentren abundantes datos que las desmientan. Así, aunque no se ha encontrado ninguna evidencia de vida inteligente extraterrestre y las agencias estatales han cortado los fondos para detectar radioseñales del mundo exterior que sigan un patrón regular, sigue habiendo una red de astrónomos que continúan gastando su tiempo,  su energía y sus recursos para detectar tales radioseñales. Todavía más llamativo es el hecho de que numerosos científicos sigan trabajando con células madres embrionarias, cuando se ha acumulado bastante evidencia de que se forman tumores incontrolados cuando se buscan aplicaciones prácticas. Estos casos parecen sugerir que detrás de (alguna) teoria científica hay una fuerte dosis de subjetivismo, capaz de persistir en un desierto de evidencias experimentales que las apoyen. Quizás solo permite atisbar la existencia de personas, que siendo científicas, se dejan arrastrar por sus creencias o conveniencias.